En parallèle de ses opérations antiterroristes en Syrie et au Liban, les services de renseignement extérieurs israéliens ont lancé une guerre secrète contre l'Iran, et particulièrement son programme nucléaire.
Si la diplomatie israélienne se contente de sanctions face au régime des mollahs, le Mossad aurait lancé une guerre totale à l'égard de l'Iran.
Le 15 janvier 2007, des scientifiques iraniens travaillant à Isaphan ont été empoisonnés au gaz. Parmi les victimes se trouvaient le professeur Ardeshir Hosseinpour, le cofondateur du Centre de Recherche nucléaire. Des kidons (tueurs) de l'Institut seraient à l'origine de sa mort.
Le 7 février 2007, le général Ali Reza Askari, source du Mossad depuis 2003, a disparu dans la nature. Selon des officiels du renseignement américain, il aurait été évacué par les Israéliens alors qu'il allait être découvert par le VEVAK, le ministère de la sécurité iranien.