En parallèle de ses opérations antiterroristes en Syrie et au Liban, les services de renseignement extérieurs israéliens ont lancé une guerre secrète contre l'Iran, et particulièrement son programme nucléaire.

Si la diplomatie israélienne se contente de sanctions face au régime des mollahs, le Mossad aurait lancé une guerre totale à l'égard de l'Iran.

Le 15 janvier 2007, des scientifiques iraniens travaillant à Isaphan ont été empoisonnés au gaz. Parmi les victimes se trouvaient le professeur Ardeshir Hosseinpour, le cofondateur du Centre de Recherche nucléaire. Des kidons (tueurs) de l'Institut seraient à l'origine de sa mort.  

Le 7 février 2007, le général  Ali Reza Askari, source du Mossad depuis 2003, a disparu dans la nature. Selon des officiels du renseignement américain, il aurait été évacué par les Israéliens alors qu'il allait être découvert par le VEVAK, le ministère de la sécurité iranien.

Parallèlement, une équipe conjointe de la CIA et du Mossad aurait tenté de saboter les lignes électriques autour de Natanz en provoquant des courts-circuits, sans réussite pour l'instant. Le journaliste du New York Times James Risen, qui a dévoilé l'affaire, risque aujourd'hui la prison.

Reste que les services secrets israéliens ont une opinion beaucoup plus tranchée de la situation que leurs supérieurs hiérarchiques. Meir Amit, ancien directeur du Mossad, a déclaré qu'Israël devait "éliminer Ahmadinejad". De même, Hassan Nasrallah serait aujourd'hui traqué par les katsas (agents) de l'Institut et se terrerait dans Beyrouth.

Dans l'ombre des simagrées diplomatiques, Meir Dagan (photo), le directeur du Mossad, est en passe de devenir le meilleur dirigeant que le service ait connu depuis longtemps. Ehoud Olmert a prolongé son contrat jusqu'en 2009 après l'élimination de Mughniyeh, ce qui montre que le Mossad est dans les bons papiers du gouvernement israélien. Cela n'est pas sans conséquences. Considérant que le régime des mollahs "est la menace numéro un pour Israël", Dagan pourrait être celui qui décidera enfin Ehud Olmert à faire décoller la chasse.