Je suis étudiant. Comme tout étudiant, je rend tous les ans un certain nombre de travaux, sous des formes assez diverses. On peut distinguer deux grandes catégories : ce qui finit dans une file d’impression, et ce qui se retrouve projeté sur un écran. Il y a des étapes communes, et des étapes spécifiques. La conception de ces documents (leur organisation, leur rédaction, leur correction) prend du temps, et il est nécessaire d’avoir les outils appropriés pour chaque étape. Je dévoile ici ma petite méthode.

Créer le matériel

Créer le matériel, c’est transformer des idées et des données en figures et en texte. En tant que scientifique, je suis amené a manipuler des données de natures très variées : photographies, chiffres, graphes et diagrammes, mais aussi schémas.

Pour chaque « problème », il existe une solution. De manière générale, mes courbes, diagrammes, graphiques, sont créés sous le très puissant logiciel R (RDCT, 2006), qui permet une exportation en tant que dessin vectoriel. D’où une qualité maximale, même sur un grand écran ou pendant une présentation. Pour des choses moins poussées, un logiciel tableur fait aussi l’affaire.

En ce qui concerne la création des schémas, n’importe quel logiciel de dessin fait l’affaire. De paint.net à photoshop, en passant par OOdraw, Illustrator, et Visio. En général, j’utilise Visio (gratuit pour les étudiants) et OOdraw, par habitude. Encore un fois, mes schémas sont exportés dans un format vectoriel, pour pouvoir les dimensionner à volonté.

Restent à traiter le texte et les tableaux. En ce qui me concerne, même si les tableaux sont considérés comme des illustrations (des « figures », comme on dit), je les traite comme du texte. Si le document sur lequel je travaille est une présentation, je suis pratiquement au bout de mes peines. Reste à trouver un thème graphique, et on y est. En revanche, dans le cas d’un écrit pur et dur, il faut finir la mise en page.

J’ai pris l’habitude de travailler sous word, même si le format que j’utilise le plus est le rtf. Ce choix de logiciel s’explique principalement par le logiciel de bibliographie que j’utilise. Les rares fois ou je n’ai pas de bibliographie a gérer, je préfère travailler sous StarOffice. Quand j’écris le texte, je ne fais pratiquement pas de mise en forme. De quoi faire ressortir les titres, je place des cadres vides avec les légendes des figures pour m’y retrouver et insérer les références.

Pour la mise en page proprement dite, j’utilise le logiciel qui a mes yeux est le plus puissant : InDesign, auquel j’ai la chance d’avoir accès. C’est la que je rajoute les figures, préparées auparavant.

Le problème des bibliographies

J’ai longtemps utilisé la base de données de StarOffice pour gérer mes sources. Puis j’ai découvert EndNote. EndNote est un programme assez sympathique, qui permet de stocker des références de manière complète, et de les formater de différentes manières (selon les styles des journaux scientifiques, en fait).

EndNote a un défaut majeur : il utilise un format propriétaire. Grâce à un billet publié sur le blog de Phnk (Briatte, 2006), je me suis penché sur le très intéressant CiteULike. CiteULike est un site web permettant de gérer les sources de manière puissante et conviviale. J’ai besoin d’un avis sur ma biblio ? Il me suffit de transmettre l’URL pour qu’elle soit accessible à tous.

CiteULike et EndNote travaillent très bien ensemble, de même que CiteULike et BibDesk (la référence des formats de bibliographie sous LaTeX). Le fait qu’EndNote s’intègre à Word et pas à StarOffice justifie que, pour le moment, c’est cette solution que je privilégie.

Pour conclure

Ce Workflow est évidemment perfectible. Il a au moins un avantage : il est simple d’utilisation, et produit un résultat très agréable visuellement parlant. Si vous avez des suggestions à faire, notamment sur la partie « bibliographique » de la chose, je suis tout à fait ouvert.

Sources

Briatte, F. (2006) A bibliographic workflow using CiteULike and BibDesk http://phnk.com/blog/tech/citeulike-and-bibdesk/

RDCT. (2006) R: A language and environment for statistical computing.

Une version pdf de ce document, pour voir un "produit fini" de ce workflow, est dispoinble ici : http://www.le-doc.info/index.php/dlm/4/15